朝廷既已全部覆亡，作为留都的南京很自然地成了明朝半壁江山的政治中心。这里当政和在籍的大臣如雷轰顶，顿时乱成一团。对于他们来说，当务之急是立君。由于崇祯帝的三个儿子都被大顺军俘获，未能逃出北京，在没有直系皇位继承人的情况下，南京及其附近地方的大臣、勋贵、太监和拥兵自重的将帅就在拥立哪一位藩王的问题上展开了一场钩心斗角的争执。
在这里，我们应当特别 注意东林—复社中一些骨干人士在继统问题上所起的恶劣作用，他们的一些偏见深入人心，一直沿袭到现在。事实上，当时的有识之士都主张由福王朱由崧继统……然而，江南士绅中的一部分东林党人却从狭隘私利出发，强烈反对由福藩继统，原因是朱由崧的祖母是备受神宗宠爱的郑贵妃，从万历到天启朝廷上围绕着储君问题展开的“妖书”“梃击”“移宫”等轰动一时的案件都同郑贵妃有关，何况正是由于东林党人的力争，神宗和郑贵妃希望立福王朱常洵(朱由崧的父亲)为太子的图谋才化为泡影。因此，他们担心一旦朱由崧登上帝位，重翻旧案，自己在政治上将会失势。在籍礼部侍郎钱谦益当时被视为东林党魁，他两次从原籍常熟赶往南京，以“立贤”为名，到处游说，提议迎立潞王朱常淓。支持钱谦益的有南京兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高弘图、右都 御史张慎言、詹事府詹事姜曰广等人。一度具有举足轻重地位的首席大臣南京兵部尚书史可法是倾向于东林党的人物，他内心里对拥立福王有所顾忌，但又认为应该按伦序迎立神宗的子孙。